Sezona 2004.
- Australian Open (tvrda podloga) -- pobjeda nad Maratom Safinom
- Wimbledon (travnata podloga) -- pobjeda nad Andyjem Roddickom
- US Open (tvrda podloga) -- pobjeda nad Lleytonom Hewittom
Tijekom 2004. godine Federer osvaja i 3 turnira iz serije ATP Masters 1000. Također, osvaja i turnir serije ATP 500 u Dubaiju te završni turnir. Time dočekuje kraj godine na prvom mjestu na ATP-ovoj ljestvici po prvi puta.
Sezona 2005.
U 2005. godini Federer nije uspio doći do finala na prva dva Grand Slam turnira, međutim sa pobjedničkim nizom nastavlja u Wimbledonu gdje u finalu pobjeđuje Andyja Roddicka te na US Openu gdje pobjeđuje Andrea Agassija. Tijekom godine također osvaja i 4 turnira iz serije ATP Masters 1000: (Indian Wells, Miami, Cincinnati i Hamburg). U Finalu Miamija Federer se prvi puta u finalu našao u ogledu s Rafaelom Nadalom što je označilo početak jednog od najvećih rivalstava u tenisu. Nadalje, u 2005. Federer osvaja i dva naslova na turnirima serije ATP 500: Rotterdam i Dubai. Iako nije osvojio završni turnir sezone, gdje je ozlijeđen u finalu izgubio od Davida Nalbandiana, tijekom cijele sezone se zadržao na prvoj poziciji na ATP ljestvici.
Sezona 2006.
- osvojio je 12 naslova u pojedinačnoj konkurenciji (najviše od 1984. i Johna McEnroea)
- omjer pobjeda i poraza mu je bio 92-5 (najviše od 1982 i Ivana Lendla)
- igrao je u finalima 16 turnira od ukupno 17 na kojima je sudjelovao
Uz nastupe na Grand Slam turnirima, Federer je igrao u finalima 6 turnira iz ATP Masters 1000 serije gdje je pobijedio u 4 finala na tvrdoj podlozi, dok je dva finala na zemljanoj izgubio od Nadala. Iako je finala na zemlji gubio, gurao je Nadala do graica u svim zajedničkim ogledima. Od ostalih turnira na kojima je igrao, svakako treba spomenuti da je osvojio i turnir u Tokyou iz serije ATP 500 te završni turnir. 2006. godinu je ponovno završio na prvom mjestu na ATP-ovoj ljestvici.
U sezoni 2006. Federer je izgubio mečeve od samo dva igrača: Nadala (4 puta) i Andyja Murrayja u drugom kolu Cincinnatija (jedini Federerov poraz prije finala u toj godini). Federer je završio sezonu sa nizom od 29 pobjeda u nizu, te pobjedama u 48 od 49 mečeva koje je igrao od French Opena. Za Federera je osobni uspjeh zasigurno bio i osvajanje turnira u Baselu, svom rodnom gradu.
Sezona 2007.
U sezoni 2007. Federer je ušao u finale sva četiri Grand Slam turnira sezone. Na početku godine je osvojio Australian Open bez izgubljenog seta. Time je postao prvi igrač u 21. stoljeću kojem je to pošlo za rukom od Björna Borga koji je to zadnji puta postigao na Roland Garrosu 1980.
Federer je u ovu sezonu ušao sa velikim nizom pobjeda - čak 41. To je ujedno i najdulji niz u njegovoj karijeri i za svega 5 mečeva slabiji rezultat od rekorda. Taj pobjedinički niz je zaustavljen u prvom kolu Indian Wellsa gdje ga je pobijedio Guillermo Cañas, za kojega je kasnije utvrđeno da je koristio ilegalne supstance.
Ovaj iznenađujući poraz je ujedno i prvi poraz od kolovoza 2006. godine.
Tijekom turnira koji su se odigravali na zemlji, posebno se ističe pobjeda nad Rafaelom Nadalom u finalu Hamburg Mastersa. Tom je pobjedom Federer zaustavio Nadalov niz od 81 uzastopne pobjede na zemljanoj podlozi. Iako je ostvario ovakvu pobjedu u Hamburgu, u finalu Roland Garrosa je ipak Nadal bio bolji.
Iste sezone Federer u napetom meču koji se odigrao u 5 setova po drugi puta za redom pobjeđuje Rafaela Nadala. Ova je pobjeda ujedno bila i peta uzastopna u All England Clubu čime se izjednačio sa Björnom Borgom. Nekoliko mjeseci kasnije Federer osvaja i US Open gdje je u finalu pobijedio Novaka Đokovića.
Kraj godine dočekuje na prvom mjestu ATP ljestvice četvrtu godinu zaredom.
Sezona 2008.
Sezonu 2008. obilježile su mononukleoza i ozljeda leđa koje su pogodile Federera na početku i usred sezone. U ovoj sezoni Federer je osvojio samo US Open pobjedom protiv Andyja Murrayja. U ostalim Grand Slam turnirima nije imao previše sreće. Tako je u finalima Roland Garrosa i Wimbledona u finalu bio poražen od Rafaela Nadala, a u polufinalu Australian Opena od Novaka Đokovića.
Premda na ATP Touru nije imao većih uspjeha, na Olimpijskim igrama je sa sunarodnjakom Stanom Wawrinkom osvojio zlatnu medalju u igri parova pobijedivši braću Bryan u polufinalu te švedski par S.Aspelin i T.Johansson u finalu.
Sezona 2009.
U sezonu 2009. Federer ulazi sa osvojenih 13 Grand Slam naslova, samo jednim manje od rekorda Petea Samprasa.
U prvom Grand Slam turniru sezone Federer je u finalu izgubio od Rafaela Nadala. Taj ga je poraz dosta pogodio te nakon toga nije osvojio niti jedan turnir do perioda sezone koji se igrao na zemljanoj podlozi. Preokret se događa tek na Mastersu u Madridu kada u finalu pobjeđuje Rafaela Nadala. Iako je na tom turniru pobijedio Nadala, malo tko je vjerovao da će osvojiti i Roland Garros koji je slijedio.
Međutim, Nadal neočekivao rano ispada nakon poraza od Robina Söderlinga te Federer u konačnici uspijeva osvojiti jedini Grand Slam koji mu je nedostajao.
Nakon ove pobjede, Federer se odmah okreće dijelu sezone posvećenom travnatoj podlozi. U Wimbledonu bez većih poteškoća dolazi do finala gdje se susreće s velikim rivalom - Andyjem Roddickom, kojeg i pobjeđuje. U nastavku ljetnog dijela turnira, Federer osvaja i Cincinnati Masters, ali u finalu US Opena gubi od Juan Martina del Potra.
Ova sezona je možda i povijesno najznačajnija u Federerovoj karijeri jer je u njoj osvojio i naslov prvaka u posljednjem Grand Slam turniru koji mu je nedostajao. Također, finale Wimbledona je bilo najdulje Grand Slam finale u smislu broja odigranih gemova. Nakon što je srušio rekord po broju osvojenih Grand Slam naslova, neki analitičari su ga prozvali najvećim tenisačem svih vremena.
Sezona 2010.
Sezona je započela Australian Openom kojeg je Federer osvojio pobijedivši Andyja Murrayja u finalu. Međutim, iako je od Wimbledona 2005. godine sudjelovao u 18 od 19 finala na Grand Slam turnirima, ovaj Australian Open je označio kraj Federerove potpune dominacije na Grand Slam turnirima.
Na Roland Garrosu Federer u četvrtfinalu gubi od Robina Söderlinga i gubi prvo mjesto na ATP-ovoj ljestvici. U Wimbledonu također doživljava poraz u četvrtfinalu od Tomasa Berdycha te zauzima 3. mjesto na ATP-ovoj ljestvici, po prvi puta u 6 godina i 8 mjeseci. Na US Openu Federer stiže do polufinala
u kojem je izgubio od Novaka Đokovića nakon što je imao čak 2 meč lopte.
Za kraj sezone Federer je osvojio tri naslova - Stockholm Open, Swiss Indoors i ATP World Tour Finals. Sezonu završava na jednom od prva dva mjesta i to osmu godinu za redom.
Sezona 2011.
Iako bi po mjerilima mnogih tenisača sezona bila izvrsna, za Federera ova sezona nije bila pretjerano dobra. Na Australian Openu je u polufinalu izgubio meč bez ijednog dobivenog seta od Novaka Đokovića. U polufinalu Roland Garrosa Federer je pobijedio Novaka Đokovića u četiri seta, međutim u finalu je izgubio od Rafaela Nadala.
U Wimbledonu je Federer došao do svog 29 nastupa u četvrtfinalu nekog Grand Slam turnira, ali u tom ga je meču pobijedio Jo-Wilfred Tsonga. Na US Openu je u polufinalu također izgubio meč od Novaka Đokovića. Taj je poraz označio činjenicu da Federer po prvi puta od 2002. nije osvojio niti jedan Grand Slam turnir.
Kraj ove sezone je obilježio pobjedama na završna tri dvoranska turnira - Swiss Indoors, Paris Masters i ATP World Tour Finals. Godinu je završio na trećem mjestu na ATP-ovoj ljestvici.
Sezona 2012.
U sezoni 2012. Federer se vraća na stare staze uspjeha. Na Australian Openu gubi u polufinalu od Rafaela Nadala, ali po prvi puta od 2005. godine osvaja Rotterdam Open pobjedom nad Juan Martinom del Potrom.
U nastavku prvog dijela sezone Federer osvaja i 2012 Dubai Tennis Championships, Indian Wells Masters i Madrid Masters koji se po prvi puta igrao na novoj plavoj zemljanoj podlozi. Na Roland Garrosu dolazi do polufinala gdje gubi od Đokovića.
U polufinala Wimbledona Federer pobjeđuje Đokovića, a u finalu i Andyja Murrayja čime je osvojio svoj sedmi naslov prvaka u Wimbledonu. Mjesec dana nakon Wimbledona, Federer je na Olimpijskim igrama osvojio srebrnu medalju u pojedinačnoj konkrurenciji.
Do kraja sezone Federer osvaja i Cincinnati, ispada u četvrtfinalu US Opena te dolazi do finala ATP World Tour Finalsa gdje u dva seta gubi od Novaka Đokovića.
Sezona 2013.
Tijekom 2013. godine Federer se mučio sa ozljedom leđa koju je zadobio u ožujku, koja se pogoršala i u srpnju. U ovoj je sezoni sa drugog mjesta pao na tek šesto mjesto na ATP-ovoj ljestvici. Ovo je bila i prva sezona od 1999. gdje Federer u prva četiri mjeseca godine nije igrao niti u jednom finalu.
Federerova prva pobjeda u ovoj sezoni je bila na Gerry Weber Openu gdje je porazio Mikhaila Youzhnyog. Dodatno, osvojio je i turnir u Halleu čime se izjednačio sa Johnom McEnroeom po broju osvojenih naslova u Open eri.
U Wimbledonu je Federer doživio najgori poraz na Grand Slam turniru od 2003. godine. Na tom je turniru ispao već u drugom kolu. Ozljeda leđa pratila ga je cijele godine tako da je ostvario i dosta loš rezultat na turnirima u Hamburgu i Gstaadu.
Krajem godine Federer je najavio i promjene u svom trenerskom timu.
Sezona 2014.
U 2014. sezoni Federer se vraća većim pobjedama. Tako na Australian Openu pobjeđuje Jo-Wilfreda Tsongu i Andyja Murrayja čime dolazi do polufinala u kojem gubi od Rafaela Nadala. Na Dubai Tennis Championshipsu pobjeđuje Novaka Đokovića u polufinalu i Tomasa Berdycha u finalu čime dolazi do prvog naslova od Hallea u 2013.
Federer do finala dolazi i u Indian Wellsu gdje u finalu gubi od Novaka Đokovića. Nakon pobjede njegove Švicarske u četvrtfinalu Davis Cupa, Federer nastupa na Monte-Carlo Mastersu gdje pobjeđuje Novaka Đokovića na putu do finala, ali u finalnom ogledu gubi od svog sunarodnjaka Stana Wawrinke.
U Halleu Federer dolazi do finala i u pojedinačnoj i u konkurenciji parova. U pojedinačnoj konkurenciji pobjeđuje Alejandra Fallu u finalu. U Wimbledonu Federer također dolazi do finala gdje gubi od Novaka Đokovića u velikom meču od pet setova.
U nastavku sezone Federer dolazi i do finala na Canadian Openu, ali ga u završnom meču pobjeđuje Jo-Wilfred Tsonga. U Cincinnatiju pobjeđuje Davida Ferrera za svoj šesti naslov na tom turniru. Na US Openu dolazi do polufinala gdje ga pobjeđuje Marin Čilić koji je kasnije i osvojio turnir.
Do kraja godine je osvojio i Shanghai Masters te Swiss Indoors čime se po prvi puta nakon svibnja 2013. vratio na drugo mjesto na ATP-ovoj ljestvici. U završnom turniru sezone Federer je morao predati meč zbog ozljede leđa koju je pretrpio u polufinalnom ogledu s sunarodnjakom Wawrinkom.
Iako je bio ozlijeđen, na samom kraju godine za svoju reprezenataciju igra finale Davis Cupa te ga kasnije i osvaja po prvi puta u povijesti.
Sezona 2015.
Ovu sezonu Federer započinje na Brisbane International turniru gdje je došao i do finala u kojem je pobijedio Miloša Raonića. Nešto kasnije je u finalu Dubaija uspješno obranio naslov prvaka nakon pobjede nad Novakom Đokovićem u finalnom meču. Međutim, u finalu Indian Wellsa Đoković je bio bolji i obranio je svoj naslov.
Svoj treći naslov u sezoni Federer osvaja na prvom Istanbul Openu. To mu je ujedno bio i prvi turnir na crvenoj zemljanoj podlozi od Roland Garrosa i 2009. godine. Osim ovog finala, Federer je došao i do finala Italian Opena gdje u finalu gubi od Novaka Đokovića.
Dio sezone koji se igra na travnatoj podlozi Federer započinje pobjedom na Gerry Weber Openu po osmi put. Na Wimbledon dolazi kao drugi nositelj te uspješno svladava Andyja Murrayja u polufinalu nakon čega u finalu igra s Novakom Đokovićem od kojeg gubi u 4 seta.
Nakon Wimbledona Federer pobjeđuje i Novaka Đokovića i Andyja Murrayja na putu do osvajanja Cincinnati Mastersa.
Na US Openu Federer ponovno u finalu gubi od Novaka Đokovića, međutim kasnije po sedmi put uspijeva osvojiti Swiss Indoors nakon ogleda sa Rafaelom Nadalom u finalu..
Sezona 2016.
Drugu sezonu za redom Federer za prvi turnir sezone odabire Brisbane International. U reprizi finala od godine ranije, kojeg je igrao unatoč bolesti, gubi od Miloša Raonića. Nakon Brisbanea Federer odlazi na Australian Open u kojem stiže do polufinala u kojem ga zaustavlja kasniji pobjednik - Novak Đoković.
Dan nakon poraza od Đokovića, Federer je zadobio ozljedu koljena zbog koje je propustio turnire u veljači (Dubai i Rotterdam) te ožujku (Indian Wells). Iako je bilo najavljeno kako će se vratiti u Miamiju, zbog bolesti se njegovo izbivanje s terena produljilo.
Federer se na terene vraća u Monte-Carlo Mastersu gdje lako dolazi do četvrtfinala u kojem ga zadržava Jo-Wilfred Tsonga. Nakon ovog turnira Federer je najavio kako će igrati Madrid Masters, međutim zbog ozljede leđa je odustao od igre nedugo nakon dolaska. Unatoč ozljedama, Federer je nedugo nakon Madrida zadržao drugo mjesto na ATP-ovoj ljestvici.
Tada je sudjelovao na Internazionali BNL d'Italia turniru gdje je u trećem kolu izgubio od Dominica Thiema. Nedugo nakon toga je propustio Madrid Open te se povukao iz Roland Garrosa.
Veliki povratak je napravio u četvrtfinalu Wimbledona kada je preokrenuo vodstvo od dva seta Marina Čilića te je prošao u polufinale u kojem je izgubio od Miloša Raonića.
Nedugo nakon Wimbledona Federer je objavio kako će propustiti Olimpijske igre 2016. te ostatak sezone zbog ozljede koljena.
Sezona 2017.
Aktualnu sezonu Federer je započeo sa Hopman Cupom u Australiji u siječnju 2017. Na Australian Openu je na putu do četvrtfinala, gdje je pobijedio Mischu Zvereva, pobijedio Tomasa Berdycha i Keija Nishikorija. U polufinalu je pobijedio Stana Wawrinku, a u finalu Rafaela Nadala. Ta je pobjeda bila ukupno prva pobjeda protiv Nadala na Grand Slam turniru od Wimbledona 2007.,
prva pobjeda protiv Nadala izvan Wimbledona i travnate podloge te ukupno 100. meč na Australian Openu.
U ožujku je osvojio Indian Wells (u finalu je pobijedio Stana Wawrinku) i Miami Masters (u finalu je pobijedio Rafaela Nadala).
Zbog zabrinutosti oko zdravlja, Federer je odlučio u potpunosti propustiti zemljani dio sezone, a veliki "come-back" je napravio osvojivši po deveti put turnir u Halleu.